澎湖群島的生態豐富，尤其是海洋生物豐富而多樣，在台灣地區相當難得。以下分為空域、陸域及海域等三部份來介紹。
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空域
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台灣海峽是春秋兩季東亞候鳥南來北返必經的路線之一，位居海峽中間的澎湖群島無疑是候鳥遷移路線的中繼站，而且澎湖群島海岸線複雜，潮間帶及無人島上都保留完整的自然生態環境，這些良好的條件吸引候鳥年復一年來到澎湖，所以整個群島的海域都有候鳥分布，截至2008年初在澎湖群島所發現的鳥類總數高達331種，占台灣五百多種鳥類的五分之三。其中，候鳥占澎湖全部鳥種75%，留鳥只占4%，剩下的21%則是迷了路的迷鳥，是澎湖鳥況的特色之一。夏季候鳥以燕鷗最具特色，數量高達夏季鳥類總數量的95%以上。澎湖縣政府於1991年(民國80年)依據野生動物保育法，將大、小貓嶼列為海鳥保護區，藉以保育候鳥及其幼鳥，並保護其棲地，這也是我國第一座海鳥保護區。
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陸域
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由於澎湖群島面積小而且地勢平坦，既沒有高山也沒有河流，所以陸上的生態物種相當有限。加上東北季風強勁，植物不易生長，早期總讓遊客覺得缺少綠意。但這些年來縣政府致力於路樹的種植，已經有相當好的成績；此外，海岸防風林的種植也持續進行中，近年來為落實生物多樣性的觀念，部份地區的植樹活動不再限於單一或兩三種樹種，而是單區種植五到六種樹種，相信這些植樹的工作未來可更豐富澎湖的陸上生態。
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海域
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海域生態可說是澎湖群島最傲人的部份。整個南海地區從虎井到七美島等島嶼，位於台灣海峽中央，由於有黑潮經過及沿岸流、季風流的影響，讓南海擁有豐富的漁業資源和底棲生物，包括各類經濟性魚類，其中以石斑魚數量最多，因此被選為縣魚。而澎湖海域的珊瑚生態更是精采，有紀錄的珊瑚類物種超過120種以上，珊瑚礁構成複雜而豐富的生態系，是整個海洋生態系中重要的一環。
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澎湖群島的潮間帶生態更是澎湖的一大特色。潮間帶是指介於滿潮線與低潮線之間的海域，漲潮時被海水覆蓋，退潮時露出水面。潮間帶區由於陽光與養分充足，浮游生物相當豐富，是海洋生態系中生產力最旺盛，也是各種生物聚集的主要區域，但它卻是很脆弱的生態系。在地人的傳統產業活動與遊客的休閒遊憩活動，使潮間帶受到干擾破壞，急需要受到保護，在生態保育與居民生計之間取得平衡。
資料來源：
http://tour.penghu.gov.tw/link/petg/english/tch5.htm
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